長福寺は行基菩薩が神亀三年（726年）に開創し、五智如来を安置したことに始まります。以後、真言宗の寺として栄えました。
元慶八年（884年）比叡山の座主智證大師により天台宗に改宗、当時は遠江国を二分する勢力を有していました。
宝治二年（1248年）工藤信濃守祐光が遠江国を所領し、当寺を菩提寺とします。
明応三年（1494年）8月、北条早雲の兵火により伽藍を焼失しましたが、時の名僧、松堂高盛禅師を請し、遠州太守頼景の寄進により寺は再建され、以後曹洞宗に改宗されました。
寛保三年（1743年）再度焼失し、寛延四年（1751年）伽藍を再建しました。昭和五十八年（1983年）に昭和大改修を行い現在に至ります。
ご本尊である聖観世音菩薩は厨子入秘仏とされており、広く近隣の信仰を集め、その霊験は非常にあらたかです。